Een operatie zal alleen gedaan worden wanneer medicijnen echt niet meer helpen. Toch is bij vijftig tot zeventig procent van de Crohn-patiënten vroeg of laat een operatie nodig. Een operatie wordt in principe alleen maar uitgevoerd wanneer er sprake is van complicaties. Dit kan een ernstige vernauwing zijn, fistelvorming of een abces.
Met een operatie wordt de ziekte van Crohn niet genezen, de ziekte kan immers op andere plaatsen van het maag-darmstelsel weer terug komen. Een operatie zal dan ook zo lang mogelijk uitgesteld worden. Ook na een operatie zal je in veel gevallen weer medicijnen moeten gaan gebruiken. In sommige gevallen, maar zeker niet altijd, kan het noodzakelijk zijn om een kunstmatige inhoud voor ontlasting te maken, een stoma.
Een stoma is een tijdelijke of permanente kunstmatige darmuitgang op de buikwand. Een stoma wordt in het geval van de ziekte van Crohn aangelegd wanneer de ontlasting het lichaam (tijdelijk) niet meer langs de natuurlijke weg kan verlaten. Een stoma kan aangelegd worden op de dikke darm (colostoma) of op de dunne darm (ileostoma)