Naast klachten zoals vermoeidheid, koorts, diarree en buikpijn kunnen de ontstekingen ook nog andere gevolgen hebben zoals verklevingen, fistels, abcessen en/of vernauwingen.
Bij de ziekte van Crohn zijn alle lagen van de darmwand ontstoken, dus ook de buitenkant. Deze ontstekingen produceren een kleverig vocht. Hierdoor kan de zieke darm verkleven met andere delen van de darm, met andere organen of in sommige gevallen met de buikwand.
Fistels zijn pijpvormige zweren. Ze vormen een onnatuurlijke verbinding tussen twee holtes in het lichaam (bijvoorbeeld tussen de darm en de blaas) of tussen een holte en de huid. Fistels ontstaan doordat bij de darmontstekingen abcessen kunnen voorkomen. Abcessen zijn ophopingen van pus omgeven door weefsel. Deze kunnen na verloop van tijd doorbreken en het pus wat daarbij vrijkomt moet worden afgevoerd. Zo ontstaat er een gangetje naar een ander orgaan. Inwendige fistels zijn verbindingen tussen bijvoorbeeld twee stukken darm of tussen de darm en de blaas. Uitwendige fistels zijn verbindingen tussen de darm en de huid, Dit kan een fistel zijn rondom de anus, of een fistel tussen de endeldarm en de vagina.
Bij het herstel van ontstekingen in de darmen, kan littekenweefsel ontstaan. Door het ontstaan van dit starre littekenweefsel, kan de darm vernauwen of zelfs afgesloten raken.